Будущая Скалли родилась в Чикаго в семье Эдварда и Розмари Андерсон. Она была старшей из троих детей. В детстве мечтала стать отнюдь не актрисой, а ученым, биологом. В 14 лет она решила запанковать, стала слушать жесткую музыку, вставила серьгу в нос, покрасила волосы в дичайшие цвета. Ее первой неплатонической любовью стал какой-то музыкант. В старших классах Джиллиан считали самой странной девушкой в школе, что ее ничуть не расстраивало. Сейчас она с сочувствием вспоминает о пережитом тогда ее родителями:

- Они очень волновались за меня, боялись как бы я не влипла в нехорошую историю, но все же находили в себе силы не вмешиваться в мою жизнь. Они позволили мне быть самостоятельной.

Все изменилось, когда Джиллиан перестала выпендриваться и стала устраивать свою жизнь. Она поступила в одну из театральных школ в Чикаго. Ее бывшие преподаватели вспоминали, что любую, даже самую крошечную роль она играла ярко, и ее второстепенных персонажей зрители замечали и отмечали в первую очередь.

В 1990 году, закончив обучение, актриса приехала в Нью-Йорк, где собиралась заняться театром. Не прошло и года, как у нее в руках оказалась одна из престижнейших театральных наград. Затем Джиллиан переехала в Лос-Анджелес и снялась в небольшой роли в сериале "Класс 96", а затем пришла очередь "Секретных материалов". Андерсон не сразу утвердили на эту роль. Продюсеры сериала желали видеть в каждой серии по новой красотке. Как говорит сама актриса:

- Они вероятно хотели снимать не просто Х-файлс (англ. название сериала), а ХХХ-файлс.

Однако режиссер Картер настаивал на том, чтобы у агента Малдера была постоянная напарница. Так и появилась на свет самая популярная странная парочка - Фокс Малдер в исполнении Дэвида Духовны и Дана Скалли в исполнении Джиллиан Андерсон. Сериал сразу же стал хитовым. Зрителей привлекали не только всевозможные монстры, летающие тарелки и вервольфы, чьим изучением собственно и занимались герои, но и непонятные отношения Скалли и Малдера. Казалось, что агенты ФБР вот-вот ринутся в объятия друг друга, но этого так и не происходило. Зрители же продолжали ждать следующей серии в надежде хоть когда-нибудь увидеть Скалли и Малдера в постели.

Что касается личной жизни актрисы, то ее она старается тщательно оберегать от посторонних глаз, хотя это удается далеко не всегда. По крайней мере известно, что ее первым мужем был художник-дизайнер Клайд Клотц, которому она родила дочь Пайпер. Все же последовал развод, причины которого так и не ясны до конца. Одни считают, что супругов развела их работа, другие говорят, что Джиллиан завела интрижку с симпатичным юношей, с которым ее действительно пару раз засекали папарацци. Правда, имени этого счастливца так никто и не узнал. Затем в жизни "агента Скалли" появился молодой актер Родни Роуланд. Очевидцы утверждают, что роман их был счастливым, но при этом очень коротким. Джиллиан объяснила журналистам, что прервала отношения, едва почувствовала, что теряет независимость.

В 1997 году Андерсон запела в стиле техно, удивив даже саму себя. Она записала альбом, после чего ее начали атаковать вопросами о продолжении музыкальной карьеры, однако Джиллиан отвечала, что пение и музыка - не более чем веха на ее творческом пути, хотя ей очень нравится заниматься этим. В отличие от многих других, она не остановилась на сериале, зрители увидели еще несколько кинокартин с ее участием, одной из них была полнометражная версия "Секретные материалы: Борьба за будущее". Создатели же самого сериала свели свое детище на нет. В 1997 Джиллиан уже начала морально готовиться к этому. В одном из интервью она сказала, что примерно представляет, чем должны закончиться "Х-файлс". Зрители будут довольны, если в последней серии Скалли и Малдер все же займутся любовью, ведь они потеряли столько времени на свои расследования!